Zbirka pticev je urejena deloma glede na sistematsko pripadnost razstavljenih primerkov, deloma glede na njihovo bivališce. V prvi vitrini so razstavljene race, gosi in labodi. To so vodni ptici, ki sodijo med plojkokljune. V osrednjem delu so obvodne ptice, ki živijo ob rekah, sledijo manjše vrste, ki jih pogosto opazimo v grmovju, ob robu gozda, na gmajnah, pa ptici, ki hrano išcejo na drevesnih deblih, sledijo jim ujede in sove, pa vrani in manjše gozdne ptice. Na skrajnem levem delu osrednjega dela zbirke pticev so predstavljene vrste, ki živijo v skalnih stenah, pogosto visoko v gorah.
V nadaljevanju si lahko ogledamo ptice, ki živijo vecinoma v kulturni krajini.
V zbirki plazilcev so na ogled kace, kušcarji, krokodili in želve. Predstavljene so vse vrste kac, ki živijo v Sloveniji. Vecina razstavljenih primerkov tropskih plazilcev, med katerimi so krokodili, varani, nekatere kace in želve, so bili prvotno v lasti Misijonarskega muzeja, ki je v 19. stoletju deloval v Ljubljani. Ob njegovi ukinitvi so posamezne primerke darovali Prirodoslovnemu muzeju Slovenije. Nekatere primerke so muzeju darovali tudi ljubiteljski gojitelji, ko so njihovi hišni ljubljencku poginili.
V vec kot sto let stari zbirki sladkovodnih rib so razstavljeni nekateri primerki, ki jih danes v slovenskih vodah ni vec. Takšen je na primer predstavnik jesetrovk, kašikar, Acipenser gueldenstaedtii. Muzejski primerek, ki je bil ujet leta 1883 v Savi pri Ljubljani, je dolg vec kot meter. Tu je shranjena tudi vec kot sto let stara soška postrv, ena redkih izvornih predstavnic te avtohtone vrste. Zbirka ima zato veliko zgodovinsko in znanstveno vrednost. Prica pa tudi o nenavadnem in izvirnem nacinu prepariranja: iz ribe so skozi gobec odstranili meso, nato pa kožo napolnili z vrocim peskom. Primerno so jo oblikovali in pustili, da je zaradi vrocega peska otrdela. Nato so pesek skozi gobec vsuli ven, ribo pobarvali, namestili na primeren podstavek – in razstavili.
V zbirki okostij vretencarjev si obiskovalci lahko ogledajo okostja pticev in sesalcev, od majhnega žužkojedega ježa, do kitovega rebra in vretenca. Med njimi je tudi pravo cloveško okostje.